Prólogo:

Una característica propia del Evangelio de Juan es su gran obertura coral,  la introducción (1:1-5) que ha sido y es base del Credo cristiano. Solo el Evangelio de Juan inicia su obra con un himno para ser cantado por la comunidad antes de la lectura del evangelio. El origen de este himno es desconocido y se discute si el mismo autor del evangelio lo escribió o si lo tomó de otra fuente. Se suele sostener la hipótesis de que el autor del evangelio, una vez que su obra estuvo terminada, escribió el prólogo como himno que contiene las ideas centrales del evangelio, las claves para su comprensión.

En el prólogo del Evangelio de Juan se presenta al Logos (Λóγος), la «Palabra» de Dios, en su itinerario desde antes de la creación hasta la encarnación de Jesucristo. En el desarrollo del Evangelio de Juan se presenta que la Palabra estaba en Dios, que es una con el Padre y que preexistía a la creación del mundo que fue enviada al mundo por el Padre para llevar a cabo su misión: transmitir al mundo la gracia y la verdad , y que concluida su misión vuelve al Padre Juan 1:1 dice:

εν αρχη ην ο λογος και ο λογος ην προς τον θεον και θεος ην ο λογος

En el principio era el Logos y el Logos era con Dios y el Logos era Dios.

Traducido al latín en la Vulgata: In Principio erat Verbum et Verbum erat apud Deum et Deus erat Verbum

en el principio era el Verbo [la palabra razonada] y el Verbo era con Dios el Verbo era Dios .

Composición:

 Se percibe que algunos pasajes del Evangelio de Juan parecen desordenados o, al menos, no muy elaborados en su edición definitiva. Hay textos que no corresponden con el contexto, se producen cortes llamativos y hay falta de unidad en varios relatos y discursos. Esto se puede ilustrar con varios ejemplos.

1.  El capítulo 20 finaliza con el que sería el epílogo real del Evangelio (Juan 20:30-31) que concluiría toda la obra. Sin embargo, el capítulo 21 continúa con las narraciones de Jesús resucitado, como si el epílogo no hubiera estado. Y al final del capítulo 21, se da una nueva conclusión del evangelio (Juan 21:24-25).
2. En Juan 7:23, en medio de una discusión con los judíos sucedida en el marco de la fiesta judía de las Tiendas, Jesús dice que desean matarlo por haber realizado una curación en sábado, aludiendo al incidente de la curación del enfermo en la piscina de Bethesda, que finaliza en Juan 5:18 y que habría sucedido varios meses, o tal vez más de un año antes en el marco de otra fiesta.
3. La escena de la curación del ciego de nacimiento (Juan 9:1-41), finaliza con el comienzo del discurso del buen pastor (Juan 10:1). Pero el discurso se interrumpe en Juan 10:19-21 con un comentario que parecen la continuación del episodio del ciego de nacimiento. Así, el discurso del buen pastor parece una interpolación.
4. A partir del capítulo 13, el Evangelio desarrolla el proceso de la pasión, muerte y resurrección de Jesús. Al finalizar la última cena, Jesús da una orden: «Levántense, vámonos de aquí» (Juan 14:31). Pero en el versículo siguiente, continúa como si no hubiera existido esa interrupción: «Yo soy la vid verdadera y mi Padre es el viñador» (Juan 15:1). Las palabras con las que se retoma la narración aparecen recién en Juan 18:1: «Habiendo dicho Jesús estas cosas, salió con sus discípulos al otro lado del torrente de Cedrón...» Resulta evidente que los capítulos 15, 16 y 17 fueron interpolados e interrumpen la unidad del relato.